I den "statsløse" tiden etter Ivan den grusommes død, med den syke og svake Fjodor, begynte guttene en åpen kamp om makten. Den sterkeste av dem var den tidligere oprichnik Godunov. Etter Theodors død samlet patriark Job en Zemsky Sobor for å velge en ny suveren. Patriarkens råd, Boyar Dumaen og servicefolk og representanter for den kommersielle og industrielle befolkningen i Moskva samlet seg ved denne katedralen. De mest sannsynlige kandidatene var to personer: tsarens svoger Boris Fyodorovich Godunov og fetteren til tsar Fjodor, den eldste sønnen til Nikita Romanovich - Fjodor Nikitich Romanov.
Årene med Boris Godunovs regjeringstid kom på et vanskelig tidspunkt i den russiske statens historie. Dette var perioden fra 1598 til 1605. Faktisk var den fremtidige tsaren ved makten allerede under den syke sønnen til Ivan den grusomme, Fjodor.
Boris Godunovs regjeringstid begynte tvetydig. I februar 1598 tilbød rådet Boris tronen, men han nektet. For at han skulle gå med på det, ble det organisert en religiøs prosesjon til Jomfruklosteret, hvor Boris bodde sammen med sin søster. Den fremtidige kongen ble tvunget til å gå med på å bestige tronen. Dermed var valget av Godunov populært. Men samtidigdet ble antatt at han i all hemmelighet tyr til trusler og bestikkelser for å oppnå dette.
Boris ble gift med kongeriket først 1. september, overbevist om styrken i folkevalget. Boris Godunovs regjeringstid gjennom hele dens lengde ble preget av ekstrem forsiktighet. Han var redd for forsøk på makten hans, eliminerte alle gutter som var mistenksomme overfor ham. Hans virkelige rival var bare Fedor Nikitich Romanov, som et resultat av at alle Romanovs ble stilt for retten på anklager om konspirasjon mot suverenen. Bojarene likte ikke tsaren, og betraktet ham som etterfølgeren til The Terrible med hans forfølgelse av adelen.
Boris Godunovs regjeringstid var en fortsettelse av Fjodors politikk, eller rettere sagt hva Godunov gjorde under ham. For all del, forsøkte han å gjenopprette folkets velvære, krenket i Grozny-tiden. I utenrikspolitikken søkte han å unngå sammenstøt, å avstå fra nye kriger. Han brydde seg om styrking av rettferdigheten, han ville være en god suveren for folket. Han ga virkelig mange fordeler til vanlige folk. Tre år på rad, fra 1601, var det en avlingssvikt, som førte til massive sultedødsfall. Boris organiserte en gratis utdeling av brød til de sultne fra den kongelige statskassen, startet store bygninger i hovedstaden for å gi folk inntekt.
Boris Godunovs regjeringstid ble ledsaget av hungersnød, ran, men dette var ikke hans feil. Dette bidro imidlertid til at misnøyen med kongen vokste. Hungersnøden ble etterfulgt av en ny ulykke - et folkelig opprør for den selverklærte Tsarevich Dmitry. Under denne kampen, BorisGodunov døde uventet (1605).
Godunov la stor vekt på europeisk utdanning. Kongen kommuniserte med utenlandske spesialister innen teknologi og medisin, tok dem villig til offentlig tjeneste. Han sendte unge mennesker til fremmede land, planla å arrangere Moskva-skoler på en fremmed måte. Han dannet en militær avdeling av tyskere etter utenlandsk modell. Under Godunov ble Moskva-regjeringen tydelig tiltrukket av nærmere kontakter med det opplyste vesten og assimilering av europeisk kunnskap.
Så Boris Godunovs regjeringstid er kort beskrevet av de fleste historikere. Mange tviler på hvor lovlig han fikk makten, og tror at hans håndverk var drapet på den yngste sønnen til de grusomme, Tsarevich Dmitry, i Uglich.
